Struktura systemu jest rozproszona tzn. każda jednostka danej placówki medycznej stanowi niezależną strukturę, której częścią wspólną jest jądro - Ruch Chorych. Rozwiązanie to pozwala na niezależność poszczególnych jednostek oraz dopasowanie oprogramowania do indywidualnych potrzeb. Poniżej przedstawiony jest schemat blokowy przykładowej struktury w szpitalu. Każda jednostka gromadzi dane specyficzne dla jej działalności w lokalnych bazach danych. Całość natomiast spięta jest centralną bazą danych o pacjentach, w której zawarte są dane podstawowe. Takie podejście umożliwia modularny rozwój systemu na terenie szpitala, co w polskich realiach wydaje się być najrozsądniejszym wariantem wdrażania systemu. W przypadku placówek dysponujących odpowiednimi zasobami finansowymi i organizacyjnymi możliwe jest oczywiście zastosowanie globalnej struktury client-server, gdzie jeden, bardzo mocny komputer pełniłby funkcję centralnego serwera dla wszystkich stacji roboczych działających na terenie danej placówki.